این احتمال درست تر هست؛ و این موقعی پیش میاد که تنظیمات سئو رو فعال کنید.
من فکر میکنم احتمالا پس از فعال کردن به مشکل میخورین نه غیر فعال کردن ؛ چون بصورت پیشفرض غیر فعال هست در جوملا و مشکلی بوجود نمیاد. مگر اینکه جوملاتون مشکل داشته باشه و در اون صورت به چنین مشکلی بخورین.
باز هم در صورتی که پس از رینیم کردن فایل htaccess مشکلی بود از سایت با اکیبا بکاپ ؛ بکاپ بگیرید و به آخرین نسخه ارتقا بدین. اگه باز هم مشکل پابرجا بود آدرس سایت رو بفرمائید بررسی کنیم.